تأسس البنك الإسلامي الفلسطيني كشركة مساهمة عمومية محدودة تحت رقم (563200922) بتاريخ 16/12/1995 بموجب قانون الشركات لسنة 1929 وتعديلاته وحصل البنك على ترخيص سلطة النقد الفلسطينية بتاريخ 15/5/1997 حيث صرحت سلطة النقد الفلسطينية للبنك بمزاولة جميع الأعمال المصرفية وفقا لأحكام الشريعة الإسلامية. وقعت إدارة البنك الإسلامي الفلسطيني بتاريخ 13 مايو 2005 اتفاقية مع إدارة بنك القاهرة عمان تم بموجبها شراء صافي موجودات بنك القاهرة عمان فرع المعاملات الإسلامية من قبل البنك الإسلامي الفلسطيني بمبلغ وقدرة ثلاثة ملايين دولار وفي بداية عام 2010 تم توقيع اتفاقية مع بنك الأقصى الإسلامي تم بموجبها شراء محفظة بنك الأقصى . يمارس البنك الإسلامي الفلسطيني أعماله من خلال فرعه الرئيسي في مدينة غزة وشبكة فروعه المنتشرة في مختلف المحافظات وعددها 25 فرعا ومكتبا.